朝6時、長野市某ホテル。温泉ライダー1号は、どっきり寝起きを撮られた。とんでもない寝相の１号は、温泉の父からの手紙を受け取る。その手紙には「これから12時間以内に小布施、中野、須坂方面に行って、イイ温泉、旨い食べ物、スゴイ人をみつけなさい」という指令がかかれていた。
　温泉ライダーたちは温泉ライダーのテーマソングを口ずさみながら小布施町にやって来た。そして、なぜか小布施の町民Aさんの時間割に合わせて行動することになる。行く先々で新たな指示を受けながら、小布施・中野・須坂を駆け巡る。
　途中で二人は温泉ライダーの好敵手・温泉ハニーと出くわすなど、様々な試練を乗り越え、指令を実行していく。